Android の Publishing Settings (Edit -> Project Settings -> Player) では、.apk ファイルを拡張ファイル(.apk + .obb)へと分割するオプションがあります。“Split Application Binary” にチェックを入れることで使用することが可能です。
アプリケーション( .apk )が 100MB より大きい場合、.apk を Google Play でパブリッシュする場合は分割する必要があります。APK の拡張ファイルの詳細については http://developer.android.com/guide/google/play/expansion-files.htmlを参照してください。
When the Split Application Binary option is enabled the player executable and data will be split up, with a generated .apk (main application binary) consisting only of the executable (Java, Native) code (around 10MB), any and all script / plugin code, and the data for the first scene. Everything else (all additional scenes, resources, streaming assets …) will be serialized separately to a APK Expansion File (.obb).
Unity 4.0 に含まれるのはこの機能です。Split App オプションは .apk ファイルを .apk / .obb ファイルに分割する唯一の方法ではありません(サードパーティのプラグイン/アセット、バンドル等を使用できます)が、公式にサポートされている唯一の自動的な分割方法です。