自動的に選択されたバージョンを別のバージョンでオーバーライドするには、プロジェクトで使用するパッケージのバージョンを明示的に定義します。Package Manager ウィンドウからパッケージバージョンをインストールするか、プロジェクトのマニフェストを直接編集します。
例えば、プロジェクトの manifest.json ファイルには以下の dependencies の値があります。
{
  "dependencies": {
    "A" : "1.0.0",
    "C" : "2.0.0"
  }
}
パッケージ A はパッケージ B の 1.0.0 に依存関係を持ち、パッケージ C はパッケージ B の 2.0.0 に依存関係を持ちます。
 
この場合、Package Manager はパッケージ B に競合のフラグを立てます。Unity はコンソールに競合の警告を表示し、パッケージ B のバージョン 2.0.0 をロードします。
警告を抑制するには、パッケージ B のバージョン 2.0.0 をプロジェクトに明示的に追加します。
{
  "dependencies": {
    "A" : "1.0.0",
    "B" : "2.0.0",
    "C" : "2.0.0"
  }
}
または、manifest.json ファイルで 3 番目のバージョンを指定することもできます。
{
  "dependencies": {
    "A" : "1.0.0",
    "B" : "3.0.0",
    "C" : "2.0.0"
  }
}
この場合競合は発生せず、Unity はパッケージ B のバージョン 3.0.0 のみをロードします。