デフォルトの Scripting Runtime Version (スクリプティングランタイムバージョン) は .NET 4.6 です。.NET 3.5 は Deprecated (非推奨) になっています。このオプションはプロジェクトごとに設定でき、Unity エディターの Player 設定 (Edit> Project Settings と移動し、次に Player カテゴリを選択) の Configuration セクションで指定します。
同等のスクリプティング API は PlayerSettings.scriptingRuntimeVersion プロパティです。
注意: エディターとプレイヤーに影響するため、このプロパティを変更するにはエディターを再起動する必要があります。
デフォルトでは、Unity の動作や使用できる .NET 機能は何も変わりません。任意のプロジェクトに対し新しい .NET 4.6 を選択すると、C# 6、.NET 4.6 クラスライブラリ、新しいランタイム機能をユーザースクリプトやプリコンパイルされたアセンブリで使用できるようになります。
ノート .Net 3.5 スクリプティングランタイムは非推奨ですが、Unity 2018.3 と 2018.4 LTS で使用可能です。.NET 4.x ランタイムを使用して新しいプロジェクトを移行または開始してください。
すべてのプラットフォームに使用できますが、それぞれ違いがあります。
エディターとスタンドアロンでは、このオプションを有効にすると新しいバージョンの Mono が使われます。
すべてのコンソールプラットフォームでは、新しい .NET バージョンを適用すると IL2CPP だけしか使えません。
iOS と WebGL では、IL2CPP だけしか使用できません。
Android では引き続き Mono と IL2CPP がサポートされます。
その他のプラットフォームでは、新しい Mono か IL2CPP どちらかをサポートするように開発中です。
IL2CPPは、新しい.NET 4.6 API とその機能を完全にサポートしています。
新しいMono / IL2CPP は Unity の内部的な自動テストをパスしました。もちろん、まだ、使用中に問題が発生することが予想されます。もし問題が発生した場合は、それをレポートしてください。
いいえ。ここでは、クラスライブラリとランタイムのアップグレードです。ただし、まだ Boehm GC が使われています。IL2CPP とともに使用する新しいバージョンの Boehm を適用しています (そのため IL2CPP と Mono にまったく同じ GC が使用されています)。
新しい Mono ガベージコレクタ (SGen) を使うには、Unity でさらに開発が必要とされます。新しいランタイムとクラスライブラリを安定させてから、その作業を進めます。
新しい Mono には VSTU 3.1 が必要です。Windows で新しい Mono ランタイムを使うには、 VSTU 3.1 をインストールして下さい。
.NET 4.6 クラスライブラリは、現在使っている .NET 3.5 クラスライブラリよりもかなり大きいものです。Unity は、マネージリンカーを向上させ、もっとサイズを減らせるように開発中です。
さらに、以下のような新しい Unity 特有のクラスライブラリ API プロファイル (現在の Unity プロファイルに類似) を開発中です。
a) 特に AOT プラットフォームで使用できるよう装備されています。
b) API プロファイルを最小限に保ち、内部でストリップ/リンクできるように設計されています。
c) netstandard 2.0 (まだ、正式にはリリースされていません) をサポートします。
問題をレポートしてください。できるだけ早く、それらを修正します。