Upgrading to Unity 3.5

Если у вас есть FBX файл с корневым узлом отмеченным в качестве скелета, он будет импортирован с дополнительным корневым узлом в 3.5 в отличии от 3.4

Unity 3.5 делает это, потому что, при импорте анимированного персонажа, наиболее распространена структура с одним корневым узлом, со всеми костями и скелетом, в иерархии под ним. При создании дополнительных анимаций, обычно скелетный меш удаляется из fbx файла. В этом случае новый метод импорта гарантирует существование дополнительного корневого узла, таким образом анимации и скелетный меш полностью соответствуют.

Если связь между экземпляром и префабом FBX файла была нарушена в 3.4, анимация не будет соответствовать в 3.5 и как следствие не будет проигрываться.

В этом случае рекомендуется пересоздать префаб или иерархии Игрового Объекта путем перетаскивания вашего FBX файла в сцену и пересоздавая его.