Unity 5 では、物理 、オーディオ、アニメーション、シェーダー等、多くの機能とシステムがアップグレードされています。Unity 4 のプロジェクトを開くと自動でアップグレードが行われますが、特定の分野だけ手動で調整したり、リファクタリングが必要なところが出てきます。
下記のページでは Unity 4 から Unity 5 にプロジェクトをアップグレードするときに気をつけるべき所を説明しています。