Unity 5 からは、ベイクしたライトマップを使うための LOD 設定方法が変わりました。直接照明は、すべての LOD で実際のサーフェイスを使って計算されます。低レベル LOD では、ライトプローブを使用して間接照明をフェッチします。そのライティング結果が、ライトマップにベイクされます。
つまり、間接照明をキャプチャするためには、ライトプローブを LOD の周辺に置かなくてはならない、という事です。完全にベイクした GI を使用する場合は、オブジェクトが実行時にライトプローブを使用する事はありません。
将来的には、LOD のライトプローブの配置を自動的に行えるようになるかもしれません。