Si usted tiene un archivo FBX con un nodo raíz marcado como skeleton (esqueleto), éste será importado con un nodo raíz adicional en 3.4, comparado a 3.4.
Unity 3.5 hace esto ya que cuando se importe los personajes animados, la configuración más común es tener un nodo raíz con todos los huesos debajo y un esqueleto alado de él en la jerarquía. Cuando se cree animaciones adicionales, es común quitar el mesh skinned del archivo fbx. En ese caso, el nuevo método de importación asegura que el nodo raíz adicional siempre existe y por lo tanto las animaciones y el mesh skinned de verdad coincide.
Si la conexión entre la instancia y el prefab del archivo FBX ha sido rota en 3.4 la animación no coincidirá en 3.5, y como resultado su animación podría no reproducirse.
En ese caso se recomienda que usted re-cree los prefabs o jerarquías de Game Object al arrastrar su archivo FBX a su escena y recreándola.